A década de 90 iniciou com a expectativa de uma nova boa campanha no campeonato gaúcho. A ampliação das sociais do Altos da Glória permitia maior conforto ao público, e uma boa parte delas já era provida de cobertura. Apesar do esforço dos dirigentes, em 1990 o time lutou contra o rebaixamento, terminando a competição em 9º lugar e com um futebol muito aquém do apresentado em 1989.

A estrutura consolidada permitiu a realização de boas campanhas nos anos seguintes, e o Glória finalizou em quarto lugar na Copa Governador de 1991 e em sétimo no Gauchão de 1991 e de 1992, quando teve o vice-goleador, Amarildo, com 12 gols. Em 1993, embora não chegando à fase decisiva, obteve o primeiro triunfo sobre a dupla Gre-Nal: vitória de 3 a 1 sobre o Inter, em Vacaria.

Um ano depois, o “Leão” teve o melhor desempenho desde 1989, conquistando a quinta posição, uma à frente do Grêmio. Também em 1994, venceu pela primeira vez o tricolor, então campeão da Copa do Brasil, por 2 a 0, em jogo disputado no “Alçapão da Militar”. Em 1995, embora não tenha avançado no Gauchão, venceu a seletiva e conquistou o direito de disputar a Série C do Brasileiro, do qual abriu mão. Em 1996, uma boa equipe, que contava com os “canarinhos” Luiz Carlos Winck e Hélcio, além de Marcos Toloco, veterano da conquista de 1988, finalizou na sexta colocação.

O grupo do Glória em 1996. Em pé, da esq. para a dir.: Beto Almeida (Técnico), Jair (Roupeiro), Vadico (Supervisor), Pessali, Luiz Carlos Winck, Otto, Sandro, Carlos, Magero, Júlio Lírio, Toni, Aguiar, Géverton, Edu Chaves (Supervisor) e Vilson Costa (Prep. Físico). Agachados: Marcos Toloco, Carioca, Marcelo Sé, Marcelo Prates, Dejai, Hélcio, Toninho Paraná, Uana, Flavinho Oliveira, Luiz Ernesto, Alex, Miranda, Faíska e Alexandre.

Embora não realizando uma boa campanha no primeiro semestre, 1997 viu o Glória conquistar o vice-campeonato da Copa Galego, que reunia equipes do interior gaúcho. Na finalíssima, disputada em Vacaria, empate em 1 a 1 com o São Luiz. Time do Glória naquela partida, orientado por Alberto Monteiro: Magero; Lelo, Pessali, Aguiar e Márcio; Uana (Marcelo Bolacha), Jorginho (Tiongo), Giovani Melo e Sandro; Tuto e Lela (Dejai).

Na temporada de 1998, a frustração: após dez anos na elite, uma sucessão de maus resultados determinou o rebaixamento à Divisão de Acesso. O vice-campeonato da Copa Galego permitiu que a equipe seguisse na competição para ser eliminada somente pelo campeão Juventude, mas a má-fase era evidente: terminou em último na Copa Abílio dos Reis.